为充分发挥中央和地方两个积极性，进一步健全正向激励机制，鼓励地方因地制宜、大胆探索，竞相推动科学发展，国务院办公厅2016年11月印发了《关于对真抓实干成效明显地方加大激励支持力度的通知》（国办发〔2016〕82号），明确提出“对改善地方科研基础条件、优化科技创新环境、促进科技成果转移转化以及落实国家科技改革与发展重大政策成效较好的省（区、市），在中央引导地方科技发展专项资金中根据绩效评价结果给予一定倾斜，用于支持其行政区域内科技创新能力建设。”
    2017年4月，国办印发《关于对2016年落实有关重大政策措施真抓实干成效明显地方予以表扬激励的通报》（国办发〔2017〕34号），其中北京市、江苏省、安徽省、河南省、重庆市在科技部、财政部组织实施的中央引导地方科技发展专项资金（以下简称专项资金）绩效考核中获评优秀。上述5个省市能够脱颖而出，共性之处在于能够根据国家近期科技政策和管理改革要求，围绕地方科技发展规划，落实好国家战略部署及地方的重点任务。其中，北京市以实施加强全国科技创新中心建设《总体方案》和《建设规划》为抓手，围绕落实《促进科技成果转化法》, 构建了“1+N”的科技成果转化政策体系，着力完善科技成果转化的政策环境、市场环境和服务环境。江苏省围绕建设“具有全球影响力的产业科技创新中心和具有国际竞争力的先进制造业基地”战略目标，围绕培育“一区一战略产业、一县一主导产业”，把支持新型研发机构发展作为江苏创新供给侧改革的主攻方向。安徽省结合建成合芜蚌自主创新示范区、建设综合性国家科学中心和产业创新中心等重点任务，在建立健全科技服务体系、提高地方特别是县市科技成果转化推广能力等方面做了很多努力和突破，而且，安徽省科技厅、财政厅积极开展最新政策宣传、培训和解读，对专项资金实施情况及时进行监督检查，确保政策落实不偏航。河南省以创新型河南建设和郑洛新国家自主创新示范区建设为重点，着重在创新主体、平台载体、创新人才、开放合作、重大专项、体制机制等方面落实配套措施。重庆市着眼于强化区域创新发展三大支撑，大力培育创新主体，加快构建创投体系，统筹搭建创新平台，重点支持了一批发展基础好、创新能力强、科研实力强的科研单位，建了一批引导带动作用较强的示范基地。
    专项资金是落实《关于深化中央财政科技计划（专项、基金等）管理改革方案》（国发[2014]64号）分类整合技术创新引导专项要求的重要举措，是支持地方科技创新工作的重要抓手，对于贯彻落实国家区域创新战略具有重要作用。《中央引导地方科技发展专项资金管理办法》（财教[2016]81号）于2016年5月正式印发，专项资金运用因素法通过专项转移支付方式拨付地方，其中以绩效评价为主的管理因素占20%权重。管理办法明确规定专项资金支持的项目在支持范围内，由地方科技部门、财政部门根据中央战略布局和地方特色需求进行遴选和管理，科技部、财政部则主要通过三年滚动规划和年度绩效评价来进行宏观指导。专项资金的管理创新既充分调动了地方的能动性和积极性，又体现出中央的部署和引导作用。
    2017年，科技部、财政部对上述5个省市在中央引导地方科技发展专项资金分配中的管理因素权重按满分计算，予以倾斜支持。地方科技部门、财政部门纷纷表示，专项资金绩效评价的“指挥棒”，对激励地方通过加强管理、创新机制、精准服务，聚力地方发展，避免科技项目过于分散和碎片化，具有十分重要的指导作用。