中国荷斯坦牛基因组选择分子育种技术体系的建立与应用获得2016年国家科技进步二等奖。该项目在奶牛重要性状功能基因挖掘、基因组参考群体构建、基因组育种值预测方法、奶牛主要遗传缺陷基因诊断等方面取得了创新性的研究成果。率先在我国奶牛群体中利用高密度SNP标记进行了产奶、健康、体型和繁殖性状的大规模全基因组关联分析，提高了基因组选择准确性；研发了CVM、BLAD、CN、DUMPS、BS等5种奶牛主要遗传缺陷的基因诊断技术和利用微卫星或SNP标记进行亲子鉴定的检测技术，研制了相应的诊断/检测试剂盒，建立了全国荷斯坦种公牛DNA信息数据库，填补了国内空白，充实了奶牛分子育种技术。建立了完整的中国荷斯坦牛基因组选择分子育种技术体系。
该技术体系2012年被农业部指定为我国荷斯坦青年公牛遗传评估的唯一方法，并在全国推广应用。该项目整体提升了我国奶牛育种水平，我国荷斯坦牛平均年产奶量从2010年的4500kg提高到2014年的5500kg，接近欧盟的平均水平，带来了显著的经济效益，已获经济效益13.35亿元。
