农作物功能基因组研究是农业科技创新能力的重要基础，加强小麦、玉米、大豆、棉花、油菜、蔬菜等农作物功能基因组研究与应用是提升我国农业科技创新能力，培育具有国际竞争力的生物种业的重要途径。在“十二五”863计划“水稻等主要农作物功能基因组研究”项目的基础上，“十三五”期间我国“七大农作物育种”重点专项启动了“小麦等作物功能基因组研究与应用”项目。2016年10月16日，该项目启动会在北京召开，会议由中国农村技术开发中心魏珣博士主持，中国农村技术开发中心贾敬敦主任和葛毅强处长、专项特邀专家中国科学院遗传与发育生物学研究所朱祯研究员、中国农业大学李召虎副校长和段留生院长、项目专家组中国工程院院士戴景瑞院士及项目（课题）负责人、项目骨干等60余位代表参加了会议。
    启动会上，项目主持人徐明良教授及各课题负责人对项目（课题）背景、目标、研究内容、课题设置和具体部署、实施方案等进行了详细汇报。科技部农村技术开发中心贾敬敦主任对“十三五”国家科技体制改革的相关政策进行了解读，并对项目的组织实施进行了部署，明确了项目一体化实施与管理的总体要求。农村中心葛毅强处长详细介绍了专项管理要求，提出应强化法人单位的主体责任，加强项目全生命周期的精细化过程管理以及经费管理。专项特邀专家朱祯研究员介绍了育种专项第一批启动项目的论证和立项过程，并对于项目的实施提出了具体的建议。
    “小麦等作物功能基因组研究与应用”项目由中国农业大学主持，中国农科院生物技术所、华中农业大学、中国农科院作物所、中国农科院棉花所、中国农科院油料所等35家单位参与。该项目利用分子生物学等技术手段发掘小麦、玉米、大豆、棉花、油菜、蔬菜等具有重要利用价值的功能基因和调控元件，解析产量及品质形成、逆境胁迫应答、资源高效利用等重要生物学过程的调控网络，开展全基因组优异基因的高效组合，创制优异遗传育种材料，建立规模化基因鉴定和基因组育种平台。
    项目预期获得的一批优良性状基因和创制的优异新种质可直接应用于育种，弥补常规育种的不足，解决或部分解决我国农作物品种长期存在的品质差、抗性弱、生产效率低等问题。项目的实施将有利于提高农业生产的效率，节约成本，提高市场竞争力，增加农民收入，支撑相关产业的发展，具有重大的直接或间接的社会经济效益；将为我国小麦、玉米、棉花、大豆、油菜、蔬菜等产业的发展提供安全的保障。