鲤鱼和草鱼是我国重要的养殖鱼类，具有重要的经济价值。十二五期间，863计划现代农业技术领域布局了“鲤鱼和草鱼等重要养殖鱼类功能基因组研究及应用”项目，2016年5月27日，科技部863计划现代农业技术领域办在北京组织专家组（含“动物分子与细胞工程育种技术研究”主题专家和同行专家）对 “鲤鱼和草鱼等重要养殖鱼类功能基因组研究及应用”项目进行了验收。科技部农村司、农村中心有关同志参加了此次验收会。
    经过5年的研究，“鲤鱼和草鱼等重要养殖鱼类功能基因组研究及应用”项目完成了鲤鱼全基因组序列精细图谱绘制，绘制了单碱基分辨率的鲤鱼全基因组遗传变异图谱，构建了鲤250K SNP 基因分型芯片，并构建了鲤鱼基因组综合性网站www.carpbase.org，为基因组选择育种和全基因组关联分析研究提供了遗传工具和生物信息学在线分析工具。同时，项目组建立了基于亲本遗传距离、亲本QTL主效基因及超大群体优良家系鉴别等鱼类分子育种技术,，鉴定到肌间刺、抗病、饲料转化率、生长、耐碱、生长等经济性状重要候选基因656个，获得生长显著相关基因8个，出血病抗性显著相关基因1个，在此基础上培育快速生长品系1个，血病抗性品系1个并育成具有优良养殖性状的冠鲤纯系3个。
    “鲤鱼和草鱼等重要养殖鱼类功能基因组研究及应用”项目实施5年来，获2015年国家科技进步二等奖1项，获得授权专利45项，登记软件著作权5项，发表研究论文217篇，其中包括Nature Genetics、Plos Genetics等高水平SCI论文120篇，全面完成了任务书规定的研究内容和考核指标，提升了我国淡水养殖鱼类产业的核心竞争力，推动了我国淡水鱼类养殖业的发展。