海水养殖种业技术创新是保障我国海水养殖业健康持续发展的有效途径，对提高我国海洋科研创新能力和国际竞争力具有重要促进作用。2012年863计划现代农业技术领域启动了“海水养殖种子工程”重大项目，2016年5月27日，科技部863计划现代农业技术领域办在北京组织专家组对 “海水养殖种子工程”项目进行了技术验收。科技部农村司、农村中心有关同志参加了此次验收会。
    十二五期间，“海水养殖种子工程”项目实现了海水养殖生物育种核心前沿技术的跨越式发展。在海水鱼类胚胎干细胞和生殖干细胞、海水无脊椎动物细胞建系、高通量基因组 SNP 筛查分型技术和分子设计育种技术等方面取得了突破。在基础研究方面，建立了包括水生生物的全基因选择育种平台在内的养殖甲壳类、鱼类、贝类、藻类等经济海洋生物功能基因验证高技术体系和平台7套，克隆并验证了180余个与生长、发育、抗逆相关的功能基因并应用于实际育种；在世界上首次完成了长牡蛎、大黄鱼、半滑舌鳎、栉孔扇贝、虾夷扇贝、条斑紫菜、海带等基因组的精细图，构建了27个物种的高精度遗传图谱，相关论文在Nature，Nature Genetics，Nature Methods等国际高水平杂志发表。在应用研究方面研发了重要海水养殖生物的良种培育体系，育成一批高产抗逆良种，产业推广效益良好；一批名贵海水养殖生物的苗种繁育技术达到中试水平，促进一批新兴养殖产业的发展。
    “海水养殖种子工程”项目实施4年来，育成39个国家审定的水产新品种并进行了产业推广；获得国家科技二等奖2项、省部级一等奖4项；申请各类专利372项，其中授权国家发明专利155项，国际发明专利1项；获得20项软件著作权等级，制定技术标准规程53项；发表研究论文870篇，其中国际发表577篇，出版专著6部；获得重大技术成果58项；建立了56个863计划成果示范与产业化基地，累计创造社会经济效益达167.29亿元，经济效益、社会效益和生态效益显著。